Introdução: A composição da microbiota intestinal (MI) desempenha papel como órgão endócrino chave, produzindo metabólitos que impactam na patogênese do diabetes mellitus tipo 2 (DM). Porém, apesar dos avanços das técnicas de metagênomicas há uma dificuldade em estabelecer uma assinatura microbiana devido aos inúmeros fatores confundidores, como por exemplo, a associação com outras patologias, dieta, uso de medicamentos e a localização geográfica. No Brasil não encontramos pesquisas que relacionem a MI, DM e o infarto agudo do miocárdio. Objetivo: Identificar as alterações na composição da microbiota intestinal em indivíduos com DM ou sem DM [pré-diabéticos (PDM) e não diabéticos (NDM)] nas primeiras 24 horas do Infarto agudo do miocárdio com supradesnivelamento do segmento ST. Métodos: Foram incluídos 85 pacientes, a análise da metagenômica foi realizada por meio de amostras de fezes utilizando a técnica que se baseia na extração de DNA e amplificação do gene rRNA 16S. Os dados foram processados pela plataforma Miseq Illumina e analisados utilizando o software Illumina 16S Metagenomics. Outras análises foram feitas no programa SPSS versão 21, o nível de significância foi de p<0,05, e quando necessário os valores de p das amostras fecais foram ajustados por teste de comparações múltiplas False Discovery Rate (FDR). Os indivíduos foram divididos em grupos de acordo com os valores de hemoglobina glicada, <5,7% (NDM, n=23), ≥5,7 a <6,5% (PDM, n=33) e ≥6,5% (DM, n=29). Para análise da diversidade foram feitos testes de α e β-diversidade. Resultados: Os principais resultados foram encontrados entre os grupos NDM e DM onde a análise da abundância relativa mostrou diferenças significativas com aumento do filo Firmicutes (P=0,05) em NDM e aumento do filo Verrucomicrobia (P=0,02) e do gênero Akkermansia (P=0,03) em DM que são relacionados com o uso de metformina. Quando os valores foram ajustados por FDR encontramos aumento significativo do filo Firmicutes (P-FDR=0,035) e classe Clostridia (P-FDR=0,041) em NDM, bem como aumento do filo Verrucomicrobia (P-FDR=0,035) e sua classe Verrucomicrobiae (P-FDR=0,045) em DM. A α-diversidade não mostrou diferenças entre os grupos, enquanto a β-diversidade mostrou diferença entre NDM e PDM. Conclusão: O presente estudo mostrou que a composição da microbiota intestinal diferiu entre os grupos NDM vs DM nas primeiras 24 horas do infarto agudo do miocárdio, com uma dualidade nos resultados, onde o grupo NDM apresentou aumento (Firmicutes e Clostridia) e diminuição de bactérias consideradas benéficas (Verrucomicrobia).