Introdução: O estudo da microbiota intestinal (MI) na doença arterial coronariana é uma área emergente, isso porque, metabólitos gerados pela MI podem estar envolvidos na progressão da doença, sendo o metabólito pró-aterosclerótico N-oxido-trimetilamina (TMAO) o mais bem descrito. Atualmente a MI é considerada um potencial alvo terapêutico, porém poucos estudos avaliaram as alterações e a influência da composição da MI no pós infarto agudo do miocárdio, tampouco observados na população brasileira. Objetivo: Identificar as alterações na composição da MI de indivíduos nas primeiras 24 horas (basal), 30 e 180 dias após infarto agudo do miocárdio com supradesnivelamento do segmento ST. Métodos: Foram incluídos 173 pacientes e sequenciadas 355 amostras de fezes, a análise da metagenômica foi realizada utilizando a técnica que se baseia na extração de DNA e amplificação do gene rRNA 16S, os dados foram processados pela plataforma Miseq Illumina e analisados utilizando o software Illumina 16S Metagenomics. Níveis de TMAO foram dosados pela urina por cromatografia líquida com espectrômetro de massa. O nível de significância foi de p<0,05, e quando necessário os valores de p das amostras fecais foram ajustados por teste de comparações múltiplas False Discovery Rate (FDR). Foi analisado o índice de α-diversidade por testes de Shannon e Simpson. Resultados: A análise entre os tempos mostrou um perfil mais inflamatório no tempo basal quando comparada a 30 dias, com diminuição de bactérias benéficas pertencentes ao filo Bacteroidetes (P-FDR=0,04) e gênero Faecalibacterium (P=0,04), além do aumento de bactérias pró inflamatórias pertencentes ao filo das Proteobacterias (P-FDR=0,04). Entretanto, ao longo do tempo a MI demonstrou uma melhora em 180 dias quando comparado ao basal, com aumento significativo de bactérias produtoras ácidos graxos de cadeia curta conhecidas por terem um importante papel na saúde humana, são elas: filo Bacteroidetes (P=0,01), família Lachnospiraceae (P-FDR=0,04) e gênero Faecalibacterium (P<0,01), além disso, foi observado o aumento do gênero Prevotella (P=0,02) descrito como produtor de TMAO, que também aumentou ao longo do tempo (P=0,03). Interessantemente, a análise de α-diversidade mostrou uma diminuição de riqueza e diversidade em 30 e 180 dias quando comparado as primeiras 24 horas pós infarto. Conclusão: Foi observado um perfil mais inflamatório da MI no momento basal com melhora em 180 dias após o infarto. Entretanto foi observado um aumento de TMAO ao longo do tempo, acompanhado da diminuição de riqueza e diversidade bacteriana.