Introdução: A redução da massa corporal (MC) em indivíduos com obesidade se mostra como um fator de risco modificável na morbimortalidade por doenças cardiovasculares (DCV). No entanto, os potenciais benefícios da redução da MC induzida por restrição calórica podem ser comprometidos devido a redução de massa magra (MM) e força muscular (FM) que podem afetar inadvertidamente a capacidade funcional muscular (CFM) do indivíduo. Objetivo: Avaliar as alterações da composição corporal e da CFM em pacientes com obesidade inativos fisicamente submetidos a uma entre duas distintas dietas hipocalóricas ao longo de 6 meses. Métodos: Foram incluídos 25 pacientes inativos fisicamente com obesidade grau I ou II, de ambos os sexos, com média de idade de 40 anos, acompanhados durante 6 meses por meio de atendimento médico e nutricional periódico, alocados entre grupo Dieta Dukan (DD) (n=11), que receberam as recomendações nutricionais metodologia Dukan ou a Dieta Recomendada (DR) (n=14), que receberam orientações nutricionais baseadas no Guia Alimentar para População Brasileira de 2014. Utilizou-se Raio-x de dupla absorbância (DEXA) para análise da MM, e gordura corporal (GC) junto a medidas antropométricas de circunferência da cintura (CC), quadril (CQ) e abdome (CABD); dinamômetro isocinético Biodex® para análise da CFM dos músculos extensores do joelho (Pico de torque a 60º/s - PT e sua variável corrigida pela MC - PT/MC). Quantificou-se a ingestão alimentar via recordatório alimentar de 3 dias. As análises foram realizadas no momento Basal, 05, 30 e 180 dias. Resultados: Consumo significativamente maior de proteínas e menor de carboidratos foi observado no grupo DD em comparação a DR. Ao final do estudo, observou-se que ambas as intervenções promoveram reduções significativas da MC (DDP<0,001; DR P<0,001) e GC (DD P<0,001; DR P<0,001), porém, somente a DD apresentou reduções significativas de MM (P<0,031), PT (P<0,001) e PT/MC P<0,001) e em todas as medidas de circunferência (CC P<0,001, CABD P<0,001 e CQ P<0,001) enquanto a DR apresentou redução somente da CC (P<0,001). A comparação entre grupos no momento 180 dias apresentou valores significativamente menores DD. Conclusão: A DD promoveu reduções mais expressivas de MC, GC, MM e medidas de circunferência às custas de prejuízo da CFM mesmo diante de um elevado consumo proteico. Estudos de mais longo prazo são necessários para compreender se a redução da CFM poderá acarretar em prejuízos funcionais e/ou aumento do risco para DCV nesta população em decorrência da prática desta dieta.